# Density

此模块计算所选原子的质量和电荷密度沿X、Y、Z方向的分布。

使用本模块前请注意[前置处理](https://duivyprocedures-docs.readthedocs.io/en/latest/Framework.html#id7)已经完成！

## Input YAML

```yaml
- Density:
    atom_selection: protein  # resname *ZIN
```

`atom_selection`：选择计算的原子组。这里的原子选择的语法完全遵从MDAnalysis的原子选择语法。请参考：https://userguide.mdanalysis.org/2.7.0/selections.html

本模块还有三个隐藏参数可以对轨迹做帧的选择：

```yaml
      frame_start:  # start frame index
      frame_end:   # end frame index, None for all frames
      frame_step:  # frame index step, default=1
```

这些参数可以指定计算轨迹的起始帧、终止帧（不包含）以及帧的步长。默认情况下，用户不需要设置这些参数，模块会自动分析整个轨迹。

例如我们计算从1000帧开始，到5000帧结束，每隔10帧的数据：

```yaml
      frame_start: 1000 # start frame index
      frame_end:  5001 # end frame index, None for all frames
      frame_step: 10 # frame index step, default=1
```

如果三个参数中只需要设置一个或两个，其余的参数都可以省略。


## Output

DIP会输出质量密度和电荷密度在X、Y、Z方向的分布图以及相应的数据文件（xvg格式）。

![Mass density](static/Density_Mass_density_XYZ.png)

![charge density](static/Density_Charge_density_XYZ.png)


## References

如果您使用了DIP的本分析模块，请一定引用MDAnalysis、DuIvyTools(https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.6339993)，以及合理引用本文档(https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.10646113)。