# RDF

本模块旨在计算径向分布函数(RDF)。

使用本模块前请注意[前置处理](https://duivyprocedures-docs.readthedocs.io/en/latest/Framework.html#id7)已经完成！


## Input YAML

```yaml
- RDF:
    calc_group: resname *ZIN
    center_group: protein
    range: 4 # nm
```

`center_group`：计算RDF的中心组，即RDF的中心。这里的原子选择的语法完全遵从MDAnalysis的原子选择语法。请参考：https://userguide.mdanalysis.org/2.7.0/selections.html

`calc_group`：计算RDF的组，通常可以是连续的溶液相。这里的原子选择的语法完全遵从MDAnalysis的原子选择语法。请参考：https://userguide.mdanalysis.org/2.7.0/selections.html

`range`：RDF计算的范围，即RDF计算的半径，单位为纳米。

本模块还有三个隐藏参数可以对轨迹做帧的选择：

```yaml
      frame_start:  # start frame index
      frame_end:   # end frame index, None for all frames
      frame_step:  # frame index step, default=1
```

这些参数可以指定计算轨迹的起始帧、终止帧（不包含）以及帧的步长。默认情况下，用户不需要设置这些参数，模块会自动分析整个轨迹。

例如我们计算从1000帧开始，到5000帧结束，每隔10帧的数据：

```yaml
      frame_start: 1000 # start frame index
      frame_end:  5001 # end frame index, None for all frames
      frame_step: 10 # frame index step, default=1
```

如果三个参数中只需要设置一个或两个，其余的参数都可以省略。


## Output

DIP会输出数据到xvg文件，并可视化：

![RDF](static/RDF_rdf.png)


## References

如果您使用了DIP的本分析模块，请一定引用MDAnalysis、DuIvyTools(https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.6339993)，以及合理引用本文档(https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.10646113)。