DensityMap

此模块使用格点技术对分子的空间位置进行表征，能够获得质量密度、电荷密度、数量密度在不同轴向、不同平面上的分布。不仅可以表征单一组分的分布，还能表征两个组分在密度分布上的关系。同时，还支持对组分沿着某一轴向切片，观察切片上的密度分布。

目前此模块还较为粗糙，基于格点技术，此模块还可以拓展出很多有意思的功能，欢迎大家的建议和反馈~

使用本模块前请注意前置处理已经完成！

Input YAML

- DensityMap:
    byType: Mass # Number # Mass # Charge
    byIndex: no  # use gmx index or MDA selections
    groups: [resname *ZIN, protein] #[Protein, Ligands]
    grid_bin: 1.2  # vdw radius: H 1.20 C 1.70 N 1.55 O 1.52
    doSplit_axis: "Y" # "", X, Y, Z
    doSplit_saveXPM: no

byType：选择计算的类型，可选Mass（质量），Number（数量），Charge（电荷）。

byIndex：选择使用GROMACS的索引或MDAnalysis的选择语句。如果设置”no”, 下面groups参数的值将被认为是MDAnalysis的选择语句（这里的原子选择的语法完全遵从MDAnalysis的原子选择语法。请参考：https://userguide.mdanalysis.org/2.7.0/selections.html）；如果设置”yes”，则下面的groups参数的值将被认为是GROMACS的索引组的名字，当然这个名字需要和index文件中的对应上，且请组名不要以数字开头。

groups：选择计算的原子组，可以同时声明多个组，用逗号分隔。

grid_bin：格点的大小，单位为埃。1.2埃差不多是氢原子的范德华半径。用户可以调整格点的尺寸以获得最佳的表征效果。

doSplit_axis：选择沿着哪个轴切片，可选X、Y、Z，也可以同时对多个轴向进行切片，如XY等。如果不选择切片，则不会进行切片的计算。

doSplit_saveXPM：选择是否保存切片的XPM文件，如果选择”yes”，则会将每一个切片都用xpm文件格式保存下来，这会比较耗时。

本模块还有三个隐藏参数可以对轨迹做帧的选择：

      frame_start:  # start frame index
      frame_end:   # end frame index, None for all frames
      frame_step:  # frame index step, default=1

这些参数可以指定计算轨迹的起始帧、终止帧（不包含）以及帧的步长。默认情况下，用户不需要设置这些参数，模块会自动分析整个轨迹。

例如我们计算从1000帧开始，到5000帧结束，每隔10帧的数据：

      frame_start: 1000 # start frame index
      frame_end:  5001 # end frame index, None for all frames
      frame_step: 10 # frame index step, default=1