gmx_RMSF

此模块依赖GROMACS进行均方根波动（RMSF）的计算。

使用本模块前请注意前置处理已经完成！

Input YAML

- gmx_RMSF:
    calc_group: Protein
    by_residues: true
    multichain: yes

calc_group：计算组，即需要计算RMSF的原子组。

by_residues：是否以残基为单位计算RMSF, no表示以原子为单位计算。

multichain：体系是否是多链，也即残基编号是否有重复；如果有重复的话，绘图会出现很乱的折线，这里设置一下之后，DIP在绘图的时候会对残基重新编号；这里的示例体系包含多条链，故而设置为yes。

如果还需要对gmx rmsf命令添加其它的参数设置，可以使用gmx_parm参数。

Output

DIP会对得到的RMSF数据进行绘图：

References

如果您使用了DIP的本分析模块，请一定引用GROMACS模拟引擎、DuIvyTools(https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.6339993)，以及合理引用本文档(https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.10646113)。